همانند سایر جراحی‌های باریاتریک، تنها افراد زیر کاندید جراحی بایپس معده هستند:

• افراد با شاخص توده بدنی یا BMI برابر یا بیشتر از 40، حتی بدون سابقه بیماری مرتبط با اضافه وزن
• افراد با شاخص توده بدنی یا BMI بین 35 و 40 که حداقل به یکی از بیماری‌های مرتبط با اضافه وزن مانند دیابت، آپنه انسدادی خواب، فشار خون بالا، بیماری عروق کرونری قلب و سایر موارد مبتلا باشند.
• افراد با شاخص توده بدنی یا BMI بین 30 تا 35، تنها در صورت ابتلا به دیابت نوع دو کنترل‌نشده یا سندرم متابولیک

شاخص توده بدنی یا BMI به صورت تقسیم وزن (بر حسب کیلوگرم) بر مجذور قد (بر حسب متر) محاسبه می‌شود. انتخاب جراحی بایپس معده از بین جراحی‌های باریاتریک با توجه به شرایط بالینی شما، بیماری‌های زمینه‌ای و میزان چاقی صورت می‌گیرد.

• در افرادی که مبتلا به رفلاکس شدید اسید معده و مری بارت (تغییرات بافت پوششی قسمت تحتانی مری به علت رفلاکس طولانی‌مدت که خطر سرطان را کمی افزایش می‌دهد) هستند، بایپس معده بسیار بهتر از اسلیو معده خواهد بود. زیرا از میزان رفلاکس می‌کاهد. درحالیکه اسلیو، رفلاکس را شدیدتر می‌کند.
• بیمارانی که طولانی‌مدت کورتون یا داروهایی مثل بروفن، سلکسیب، ناپروکسن و… مصرف می‌کنند و همچنین افراد مبتلا به بیماری‌های گوارشی مانند کرون (نوعی بیماری التهابی روده) کاندید مناسبی برای جراحی بایپس معده نیستند. زیرا ممکن است به علت بیماری زمینه‌ای در محل برش معده و روده، تنگی یا نشت ایجاد شود.

• در قدم اول باید از نظر بیماری‌های زمینه‌ای جدی جسمی و سلامتی روان بررسی شوید. به‌همین‌دلیل از سمت جراح خود به متخصص‌های زمینه‌های گوناگون، از قلب و ریه و غدد گرفته تا روان‌پزشک و متخصص تغذیه ارجاع می‌شوید.
• درباره سوابق بیماری، مصرف هرگونه داروی شیمیایی و گیاهی و مکمل‌ها به پزشک خود اطلاع دهید.
• در بیماران مبتلا به زخم پپتیک (زخم معده و دوازدهه)، ریفلاکس شدید، مری بارت و یا سابقه آن‌ها، حتما باید آندوسکوپی انجام شود تا شواهد بیماری فعال و یا باقیمانده آن دیده شود. زیرا پس از بایپس معده نمی‌توان معده جداشده و دوازده را با آندوسکوپی بررسی کرد.
• برای سهولت دسترسی لاپاروسکوپی از حدود 4-1 هفته قبل از جراحی رژیم کم‌کالری را رعایت کنید تا از سفتی و حجم بافت کبد کاسته شود.
• از نیمه شب قبل از جراحی ناشتا باشید.

جراحی بایپس معده با بیهوشی عمومی انجام می‌شود و حدود 2-1 ساعت طول می‌کشد. در ابتدا چند برش کوچک روی شکم شما ایجاد می‌شود تا دوربین لاپاروسکوپی و سایز ابزارهای لازم وارد حفره شکم شوند. از طریق یک لوله فضای شکم با گاز دی‌اکسیدکربن پر می‌شود تا ارگان‌های شکمی از هم فاصله بگیرند. حالا جراح می‌تواند درون حفره شکمی را با جزئیات در مانیتور اتاق عمل ببیند. ابتدا جراح با ایجاد برشی در بخش فوقانی معده، یک معده کوچک کیسه مانند جدا می‌کند که به علت حجم بسیار کم آن، با چند لقمه غذا احساس سیری خواهیدکرد. برخلاف جراحی اسلیو معده باقیمانده از بدن خارج نمی‌شود. در مرحله بعد باید قسمتی از ابتدای روده باریک دور زده‌شود تا جذب مواد غذایی کاهش یابد. پس حدود100 سانتی‌متر ابتدای روده باریک (حدود یک متر بعد از محل خروجی معده باقیمانده) جدا می‌شود. خروجی معده جدید به ادامه روده باریک متصل می‌شود. البته معده باقیمانده و 100 سانتی‌متر ابتدایی روده باریک نیز به محلی جلوتر در روده باریک متصل می‌شوند تا  ترشحات پانکراس و کیسه صفرا تخلیه شود. پس از جراحی معمولا برای سه شب در بیمارستان بستری خواهید شد.

• رعایت رژیم غذایی پس از جراحی‌های باریاتریک یکی از مهم‌ترین اقدامات برای کاهش عوارض جراحی و ماندگاری کاهش وزن است. رژیم غذایی که پزشک دستور داده است را با دقت رعایت نمایید.
• پس از جراحی در زمان‌های تعیین‌شده توسط جراح آزمایش خون بدهید تا کمبود مواد مغذی یا اختلالات دیگر تشخیص داده شوند. بهتر است هر دوسال برای بررسی پوکی استخوان ، سنجش تراکم استخوان انجام دهید.
• اولین ویزیت بعد از جراحی، 10 روز بعد از جراحی است. بعد از آن، یک ماه بعد از جراحی سه ماه بعد و شش ماه بعد مجددا باید ویزیت شوید.
• در صورت بروز درد شدید شکم، استفراغ غیرقابل کنترل، ضعف شدید و تب هر چه سریع‌تر به پزشک مراجعه کنید تا از نظر عوارض جراحی مانند نشت محتویات معده، تنگی معده و خونریزی بررسی شوید.
• تا جایی که می‌توانید حجم غذای خود را کاهش داده و دفعات مصرف را تا 6-5 نوبت بالا ببرید. به صورت ناگهانی حجم زیادی از مایعات و مواد غذایی را مصرف نکنید. از مصرف مواد غذایی پرچرب و با قند بالا پرهیز کنید. با رعایت این موارد عوارض گوارشی مانند بازگشت اسید، درد شکم و تهوع را کمتر تحمل خواهید کرد. ریزه‌خواری را کنار بگذارید تا دوباره دچار اضافه وزن نشوید.
• مصرف مشروبات الکلی و سیگار بعد از جراحی های چاقی ممنوع است.
• مصرف مولتی ویتامین تجویزشده توسط پزشک ضروری است.